应用那他霉素滴眼液治疗真菌性角膜炎的起始剂量为每次1滴，每1—2小时1次，滴入结膜囊内。3—4天后改为每次1滴，每天6—8次。治疗通常持续14—21天，或者一直持续到活动性真菌性角膜炎消退。大多数病例，每隔4—7天逐渐减少药物使用剂量，对确保消除病原体的复制是非常有必要的。治疗真菌性睑炎和结膜炎初始剂量可以小一些，每次1滴，每天4—6次。