去纤苷治疗的不良反应包括低血压、腹泻、呕吐、恶心、鼻出血、过敏反应等，通常患者的体质和病情不同，用药后的不良反应表现也是不一样的。
如果患者用药期间出现呕吐、恶心的症状，需及时补充水分，多喝热水，饮食上也应清淡，避免油腻等刺激性食物，以免加重反应。如果出现腹泻，注意腹部保暖，多喝水，注意维持电解质平衡，严重时需在医生的指导下用止泻药。低血压、鼻出血、过敏反应等，需及时联系医生，在医生的指导下对症治疗。
需要注意的是对去纤苷任何成分过敏的患者禁用，禁止去纤苷与全身抗凝或纤溶治疗联合用药。