使用舒尼替尼会产生相应的副作用，最常见的为疲劳、乏力、腹泻、恶心、粘膜炎/口腔炎、呕吐、消化不良、腹痛、便秘、高血压、皮疹、手足综合征、皮肤变色、味觉变化、厌食和出血。因此患者在使用舒尼替尼后出现乏力的情况一般是正常的。
此外还需要注意的是，使用本品可能会对胎儿造成伤害，因此应告知具有生殖能力的女性在舒尼替尼治疗期间及最后一次给药后至少 4 周内采取有效的避孕措施。
除此之外，还应建议有生育能力女性伴侣的男性在接受本品治疗期间及最后一次给药后至少 7 周内采取有效避孕措施。
此外舒尼替尼还可损害男性和女性的生育能力。