使用依拉环素的注意事项主要有以下几点：
1、抑制骨骼生长：在妊娠中期和晚期、婴儿期和8岁以下的儿童期使用依拉环素可能会导致可逆的骨生长抑制。所有四环素在任何骨形成组织中形成稳定的钙复合物。在每6小时口服25mg/kg四环素的早产儿中观察到腓骨生长率下降，这种反应在停药后是可逆的。
2、艰难梭菌相关性腹泻：几平所有的抗菌药物都与艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)有关，其严重程度可能从轻度腹泻到致命性结肠炎不等。用抗菌剂治疗改变了结肠的正常菌群，导致艰难梭菌过度生长。难辨梭状芽抱杆菌的产生高毒素的菌株导致发病率和死亡率增加，因为这些感染对抗菌治疗可能是难治的，并且可能需要结肠切除术。
3、过敏：据报道，依拉环素出现了危及生命的超敏反应(过敏反应)，依拉环素在结构上类似于其他四环素类抗菌药物，应避免用于已知对四环素类抗菌药物过敏的患者，出现过敏反应需停用。
4、牙齿变色和釉质发育不全：在牙齿发育期间(娠末期、婴儿期和8 岁以下的儿童期)使用依拉环素可能会导致牙永久性变色(黄-灰-棕色)。这种不良反应在长期使用四环素类药物期间更常见，但在重复的短期疗程后观察到了这种不良反应。