贝达喹啉报道中（1-10％）副作用：转氨酶升高（8.9％）、血淀粉酶增加（2.5％），报道的最常见副作用（≥10%）是恶心（38％）、关节痛（32.9％）、头痛（27.8％）；在≥10%的另外不良事件和频率较高于安慰剂治疗组是咯血和胸痛。如果患者吃了贝达喹啉头晕、嗜睡，不要驾驶或操作机械，服药期间避免饮酒、摄入含酒精的饮料，避免使用肝毒性药物或草药产品。